Центр водных инициатив имеет следующие органы управления:
- Общее собрание учредителей
- Попечительский совет
- Председатель
Общее собрание учредителей является высшим органом Центра, который утверждает решения о добровольной ликвидации или реорганизации Центра, определении компетенции и организационной структуры Центра и т.д.
Попечительский совет является постоянно действующим коллегиальным органом управления Центра, осуществляющим контроль за его деятельностью. В состав Попечительского совета входят видные специалисты в области охраны окружающей среды, имеющие высокий авторитет в своей отрасли.